آیت الله مرعشی نجفی، در روز پنجشنبه 20 صفر 1315 در نجف‌اشرف، در خانواده تقوا و فضیلت، پا به عرصة هستی نهاد. قسمتی از تحصیلات مقدماتی را در نزد پدر، مادر و جده پدری فرا گرفت. نخستین اساتید وی در این دوره عبارتند از: آیت‌الله سیدشمس‌الدین محمود حسینی مرعشی، والد آیت‌الله مرعشی. فاضله عالمه، بی‌بی شمس شرف بیگم (م 1328 ق)، جده آیت‌الله مرعشی، که مبادی احکام شرعی، قرائت قرآن و ادبیات عرب تا کتاب مغنی‌اللبیب را نزد وی فرا گرفت. پس از این دورة اولیه آموزش، پدرش او را به مدارس جدید فرستاد تا علوم ریاضی، هندسه، جغرافی و دیگر علوم رایج را بیاموزد. وی دروس جدید را در مدت پنج سال به صورت شایسته و با نمرات بالا به پایان رساند و با احراز مقام اول، موفق به اخذ گواهینامة عالی آن زمان گردید. برخی از علوم جدید را، پس از اتمام دورة مدارس جدید نیز نزد اساتید خصوصی ادامه داد؛ در این مقطع ریاضیات، هیئت و طب را از دانشمندان بزرگ و عالمان متخصص در این رشته‌ها فرا گرفت.
حضرت آیت‌الله مرعشی نجفی، پس از رحلت پدر بزرگوارش در سال 1338 قمری، برای تکمیل معلومات خویش و حضور در جلسات اساتید، فقها و علمای دیگر شهرهای عراق، به کاظمین، سامرا و کربلا عزیمت کرد و چند سالی در حوزه‌های درس علمای بزرگ این سه شهر شرکت نمود و پس از سالها تلاش مستمر در کسب علم و فضیلت و اندوختن تجربه‌های ارزشمند در عراق، به قصد زیارت و عتبه‌بوسی آستان امام هشتم، علی‌بن موسی‌الرضا (ع) و نیز دیدار با اقوام و صله ارحام به ایران مسافرت کرد. گفتنی است، مهاجرت آقای مرعشی به ایران در زمانی بود که اوضاع داخلی ایران دچار بحران و ناآرامی‌هایی بود، علاوه بر آن که تب‌وتاب‌های پیامدهای جنگ جهانی اول در جای جای این کشور ملموس بود، آثار و عوارض نهضت‌های میرزا کوچک‌خان در گیلان، شیخ محمد خیابانی در آذربایجان، محمدتقی پسیان در خراسان، رئیس‌علی دلواری در خطه جنوب و بوشهر و سیطره شوم رضاخان که بوسیله کودتای استعماری انگلیس در سوم اسفند ماه 1299 بر ملت مسلمان ایران تحمیل شد، در هر کوی و برزن مشهود بود.
ایشان در 21 محرم‌الحرام 1342 از نجف اشرف مهاجرت کرد و در 6 صفرالمظفر همان سال وارد کرمانشاه شد. پس از چند روز استراحت و دیدار با برخی از علمای آن دیار، از طریق همدان و زنجان به تبریز رفت و با ارحام، اقوام و دوستان خود ملاقات نمود.
باری شوق عتبه‌بوسی ثامن‌الحجج که او را به ایران کشانده بود، مجال درنگ بیشتر را در تبریز به او نداد. از این رو در همان سال عازم سفر به مشهد مقدس شد و سر بر آستان مقدس حضرت علی بن موسی‌الرضا (ع) سایید، آیت‌الله مرعشی نجفی در زمان تشرف در مشهد مقدس از کتابخانه و گنجینه‌های نفایس آستان قدس رضوی (ع) دیدار کرد، آنگاه به دیدار علما و مدارس علمی مشهد مقدس رفت.
آیت‌الله مرعشی نجفی در 21 جمادی‌الثانی همان سال وارد تهران گردید و نزدیک به یک سال یا کمتر در تهران توقف کرد و در حوزه‌های درس شخصیتهای بزرگ علمی، مانند آیت‌الله شیخ عبدالنبی نوری (م 1344 ق)، آیت‌الله آقاحسین نجم‌آبادی (م 1374 ق)، آیت‌الله میرسیدحسن رضوی قمی (م 1352 ق)، آیت‌الله میرزاطاهر تنکابنی (م 1360 ق)، آیت‌الله میرزامهدی آشتیانی (م 1372 ق) و آیت‌الله میرزا حیدرعلی نائینی، دروس فقه، اصول، فلسفه و کلام را دنبال کرد و از کتابخانه‌های مهم آن روز تهران نیز بازدید به عمل آورد.
آیت‌الله مرعشی نجفی عصر روز 7 شعبان 1343 تهران را به قصد زیارت مرقد مطهر حضرت فاطمه معصومه (س) ترک کرد و پس از زیارت حضرت عبدالعظیم حسنی (ع) در 12 شعبان همان سال وارد شهر علم و اجتهاد قم گردید و بنا به درخواست حضرت آیت‌الله العظمی حاج شیخ عبدالکریم حائری یزدی، مؤسس و زعیم حوزه علمیه قم در این شهر رحل اقامت افکند و مدتی در جلسات درس آنحضرت و نیز حضرات آیات: آیت‌الله حاج شیخ مهدی حکمی قمی، آیت‌الله میرسیدعلی یثربی کاشانی و حاج میرزا علی‌اکبر مدرس یزدی، معروف به حکیم الهی، و دیگر دانشمندانی که از شهرستان‌های دور و نزدیک به قم مسافرت و یا مهاجرت کرده بودند، مانند آیت‌الله حاج میرزا محمدصادق اصفهانی، شرکت کرد و بهره‌های فراوان برد.
همانطور که اشاره رفت معظم‌له یکی از کسانی بود که به دعوت و امر آیت‌الله حائری یزدی در قم رحل اقامت افکند و این درست سه سال پس از تأسیس حوزه علمیه این شهرستان بود. ایشان از همان 1343 قمری که در قم رحل اقامت افکند، به دستور آیت‌الله حائری، جلسات تدریس سطح تشکیل شد و هر روز به صورتی مرتب و منظم بین شش تا هفت جلسه درس در مدرسه فیضیه، صحن و حرم مطهر حضرت معصومه (س)، برقرار می‌کرد.
آیت‌الله مرعشی پس از رحلت آیت‌الله حائری با آیات و مراجع وقت، (آیت‌الله حجت، آیت‌الله صدر و آیت‌الله خوانساری)، همکاری نزدیکی در نگهبانی و حفظ و حراست از این سنگر علم و آزادی داشته است. این فقیه فرزانه در این مقطع تاریخی درس خارج فقه و اصول را شروع کرد. و از جمله کسانی بود که از آیت‌الله العظمی بروجردی دعوت کرد تا به قم عزیمت نماید و زعامت حوزه را به دست گیرد.
آیت‌الله مرعشی ابتدا به تدریس سطح پرداخت و کتابهای معالم‌الاصول؛ شرح لمعه ؛ قوانین‌الاصول؛ فرائدالاصول؛ متاجر و کفایة‌الاصول را تدریس می‌کرد. ایشان علاوه بر فقه و اصول، منطق، کلام، تفسیر، فلسفه، رجال، درایه و علم انساب را نیز تدریس می‌کرد. این تدریس از 1343 قمری تا آخر عمر ایشان ادامه یافت. او در روزهای آخر عمر نیز همان قدر به بحث و درس اهتمام داشت که در ایام جوانی. گرچه در این چند سال اخیر به علت ضعف بینایی و کسالتی که داشت برخی از درسهایشان تعطیل شده بود، اما با این حال کوشش داشت که وقفه‌ای در درس‌ها پیش نیاید و حداکثر فرصت خود را در راه پرورش نیروی علمی و فکری طلاب به کار می‌گرفت.
آیت‌الله مرعشی از بیانی گرم و فصیح برخوردار بود. مطالب را به صورت دسته‌بندی شده و فشرده و پیوسته بیان می‌کرد؛ چنان که طلاب و شاگردان را به تأمل و تعمق وامی‌داشت. درس فقه معظم‌له براساس شرایع‌الاسلام محقق حلی بود و از رجال و درایه، معانی و بیان و ریشه‌یابی لغات غافل نبود.
شایان ذکر است، آیت‌الله مرعشی طی نزدیک به هفتاد سال تدریس که در حوزه‌های علمیه نجف اشرف و قم داشته است. شاگردان بسیاری را به حوزه‌های علمیه و عالم تشیع تحویل داده است که فهرست همه آنان از حوصله این مقدمه خارج است.
آیت‌الله مرعشی نجفی پس از رحلت آیت‌الله حاج شیخ عبدالکریم حائری، درس خارج فقه و اصول را آغاز کرد و در شمار علمای طراز دوم حوزه علمیه قم مطرح گردید و پس از رحلت آیات عظام، آیت‌الله سیدمحمد حجت، آیت‌الله سیدصدرالدین صدر و آیت‌الله سیدمحمدتقی خوانساری، به عنوان یکی از مراجع حوزه علمیه قم شناخته شد و نخستین رساله‌های عملیه ایشان با عنوان نخبة‌الاحکام و دیگری با نام سبیل‌النجاة در بین سالهای 1366 تا 1373 قمری منتشر گردید. بعد از رحلت آیت‌الله العظمی بروجردی، معظم‌له به عنوان یکی از مراجع طراز اول ایران مطرح گردید و جمع زیادی از شیعیان در ایران، هند، پاکستان، افغانستان و برخی از کشورهای عربی از ایشان تقلید کردند.
آیت‌الله مرعشی در طول زندگی پربرکت و توأم با نشیب و فرازهای زیاد، پیوسته از هر فرصت کوتاهی سود جسته و به تألیف و تصنیف و نگارش کتاب و رساله پرداخته است. تألیفات معظم‌له به چند دسته تقسیم می‌شوند: دسته‌ای از آنها به چاپ رسیده‌اند، برخی دیگر آثاری است که به صورت مخطوط باقی مانده و اکنون در کتابخانه آیت‌الله مرعشی موجود هستند و شماری از دست‌نوشته‌های ایشان نیز به صورت اوراق پراکنده است که در وصیتنامه معظم‌له خطاب به فرزندشان حجت‌الاسلام والمسلمین سیدمحمود مرعشی آمده است:
«سفارش می‌کنم او را به تدوین و تنظیم کتاب خودم، مشجرات آل رسول‌الله الاکرم (ص)، و نیز حواشی و تعلیقاتی که بر کتاب عمدة‌الطالب دارم و تمامی آثار حقیر و آنچه از قلم من بر صفحات جاری شده، چه بسا شبهای بسیاری را تا صبح بیدار بوده و چه رنجهایی در روزها جهت استخراج از گوشه و کنار صدها کتاب، بلکه هزاران کتاب در فنون مختلف کشیده‌ام. سفارش می‌کنم او را به تکمیل آنچه از قلم من صادر شده، از تألیف و تصنیف و نیز نشر آنها شامل نوشتجات زیادی در فقه، اصول، کلام، انساب، رجال، درایه، تفسیر، حدیث، تاریخ، تراجم، مجموعه‌ها، سیر و سلوک و عرفان و مقامات و نیز نوشتجات دیگر در حالات معنوی، مکاشفات، مجاهدات، ریاضتها و سختی‌هایی که متحمل شده‌ام، می‌باشد.»